高通量测序 (NGS) 技术通过全基因组关联分析 (GWAS) 快速识别与重要农艺性状相关的遗传标记，加速优良基因的发掘和利用；进行基因组选择和分子标记辅助选择，提高育种效率和精确度；揭示作物遗传多样性和群体结构，为种质资源的保护和利用提供科学依据；研究作物与病虫害及环境因素的互作机制，培育抗病虫害、适应性强的新品种；同时，NGS 技术还用于解析作物基因的表达调控网络，探索生长发育和代谢途径，为改良作物产量、品质和环境适应性提供分子层面的见解，推动现代农业可持续发展。
NGS 技术通过基因组测序和重测序揭示家畜遗传多样性和种群遗传结构，为优良品种的选育提供分子基础。利用 GWAS 识别影响生长速度、肉质、繁殖能力和抗病性等关键经济性状的基因位点，加速优良性状的遗传改良；通过比较基因组学分析不同品种或品系的基因组差异，理解其适应性和生产性能的遗传基础；同时，基因测序技术还应用于表型组学和转录组学研究，深入探究基因表达调控和生理生化过程，为精准饲养管理和疾病防控提供科学依据，从而提高畜牧业的生产效率和经济效益。
NGS 技术通过基因组测序揭示水生生物的遗传多样性和群体遗传结构，为种质资源的保护和利用提供科学依据。通过 GWAS 识别与生长速度、抗病性、环境适应性等重要经济性状相关的基因位点，指导分子辅助选择和遗传改良；同时，基因测序技术还应用于转录组和蛋白质组学研究，深入理解水生生物的生长发育、免疫应答和代谢途径，为疾病防控、饲料开发和养殖环境优化提供分子层面的见解；此外，基因测序技术还有助于监测水产品的质量安全和追溯来源，保障水产品的食品安全和公共卫生。
